2003年1月4日,日本媒体披露日本政府从所谓“民间所有者”手中租借钓鱼岛,中方向日本政府提出严正交涉。
2003年1月14日,日本首相小泉纯一郎再次参拜靖国神社,中方提出严正交涉。
2003年4月6日至8日,日本外相川口顺子访华,温家宝总理、唐家璇国务委员分别会见。
2003年5月18日至20日,日本联合执政的自民党、公明党、保守新党干事长访华,胡锦涛主席、黄菊副总理、唐家璇国务委员分别会见。
2003年5月31日,胡锦涛主席在圣彼得堡出席建城300周年庆典期间会见日本首相小泉纯一郎。
2003年8月4日,黑龙江省齐齐哈尔市发生侵华日军遗弃化学毒剂伤人事件,造成我重大人员伤亡。
2003年8月9日至11日,日本内阁官房长官福田康夫访华。
2003年8月10日至13日,李肇星外长访问日本。
2003年9月1日至4日,日本防卫厅长官石破茂访华。
2003年9月4日至10日,吴邦国委员长对日本进行正式友好访问。
2003年10月7日,温家宝总理在印度尼西亚巴厘岛出席第七次东盟与中日韩(10+3)领导人会议期间会见日本首相小泉纯一郎。
2003年10月20日,胡锦涛主席在泰国曼谷出席第11次亚太经济合作组织领导人非正式会议期间会见日本首相小泉纯一郎。
2004年4月3日至4日,日本外相川口顺子访华。
2004年9月12日,唐家璇国务委员在会见来华出席“2004中国企业峰会”的日本外相川口顺子。
2004年9月20日至25日,日本众议院议长河野洋平率团访华。胡锦涛主席、吴邦国委员长、曾庆红副主席分别会见。
2004年10月9日,李肇星外长在越南河内会见日本外相町村信孝。
2004年10月21日、24日,温家宝总理分别就日本受台风袭击和新泻县地震向日本首相小泉纯一郎致慰问电。
2004年10月25日,中日第一轮东海磋商在北京举行。
2004年10月28日,中国红十字会通过日本红十字会向日本新泻地震灾区提供10万美元的救灾援款。
2004年11月18日,李肇星外长在智利圣地亚哥出席亚太经合组织部长级会议期间会见日本外相町村信孝。
2004年11月22日,胡锦涛主席在智利圣地亚哥会见日本首相小泉纯一郎。
2004年11月30日,温家宝总理在老挝万象出席第八次东盟与中日韩(10+3)领导人会议期间会见日本首相小泉纯一郎。
2004年12月22日,日本政府为李登辉赴日活动发放签证。中方提出严正交涉和强烈抗议。