措施
中国人民大学环境学院常务副院长马中表示，水污染问题不是自然原因，而是人为原因、社会原因、经济发展共同作用的结果。
水污染防治对于中央政府和地方各级政府而言都是一项艰巨的任务。在黄河、淮河流域一带的省份地区，由于当地经济落后，所以控制污染将会给地方政府带来巨大的财政压力。而较为发达的东部沿海地区所面临的问题则是，如何协调环境质量和经济增长的关系。在个别地方，一味追求GDP的快速增长已经成为了环境污染的思想源头。例如，在太湖暴发蓝藻的3个月后，江苏省政府只能强制关闭沿河流域1000多家化学工厂。
东部浙江省温州市平阳县辖下的水头镇被誉为中国的“皮都”。在这块36.3平方公里的土地上挤满了10万人口，其中3万人主要从事皮革业，这里约有1200家小型皮革厂,对当地的水质和空气造成了严重的污染。公众压力迫使平阳县政府开始严肃处理污染治理问题。于是，政府将1200多家皮革加工厂整改重组成了39个大型的工厂。由于缩减皮革加工业的规模将使县财政收入减少1.5亿元.县政府目前积极鼓励当地发展其他一些不污染环境的高附加值产业。
全国政协委员、华中科技大学教授姚凯伦指出，频频发生在江河流域的“跨界污染”和现行的行政分割体制间不协调，是造成中国水环境质量总体恶化的主要因素之一。水资源是连续性的，而目前水资源实施的是行政区管理，两者之间的断裂势必造成诸多矛盾，限制了增加协调合作治理污染难度，以至于跨界水污染问题成为难治之症。
正是基于这种情况，江苏省出台了新规定：如果太湖下游的水质下降，太湖上游的城市必须给予下游地区赔偿。此外，江苏省还和邻近的山东、安徽、浙江等省份签订了共同防治河流污染问题的协议。按照区域生态补偿机制，如果上游地区发生了突发性环境污染事件，下游地区有权要求责任地区关闭污染源企业并向责任地区提出生态补偿要求。
周生贤指出，中国政府高度重视水污染防治，将其作为可持续发展战略的重点任务，做出了一系列重要部署。近年来，结合产业结构调整，中国依法关闭、淘汰了一批技术落后、浪费资源、污染严重的小企业，积极推行清洁生产，大力削减水污染负荷，加快城市污水处理厂建设步伐。在工业化、城市化快速发展的情况下，基本保证了城镇供水安全，水环境质量总体保持稳定。
据周生贤介绍，中国将采取六大措施确保河流污染防治：
一，从严控制各类污染排放。今后，未完成总量控制任务的地区，都要实行“区域限批”。凡是向河流排放有毒有害、重金属、持久性有机污染物和直接大量排放工业废水的项目，一律停止审批。对现有化工石化等园区、基地和项目开展环境风险评估，建立环境风险防范措施和应急预案。2010年起，对河流环境敏感区域和枯水期等敏感时段，全面实行更为严格的国家污染物排放标准。
二，深化工业污染治理。加强对重点工业污染源的监控，确保所有工业污染源都必须达标排放并达到区域流域总量控制的要求，加快安装自动监控装置并做好联网工作。2009年起，所有排污单位实行持证排污，未获许可的排污单位不得生产，对未达到排污许可证规定的要限产限排。强化上市企业环保核查，凡是有环境违法行为的不得上市，凡是排污达不到规定要求的不得上市，已上市的企业要及时向社会公开其环境行为。2010年底前完成强制淘汰或关闭落后工艺、设备与产品任务。
三，加强面源污染防治。大力实施乡村清洁工程，逐步推广城乡统筹的垃圾处理模式。逐步减少化肥农药施用量。根据河流环境承载能力确定畜禽养殖规模。加强船舶污染防治，制定船舶污染事故应急预案。
四，提高城镇污水处理水平。所有新建、在建污水处理厂要配套脱氮工艺，已建污水处理厂应于2010年底前完成脱氮改造。完善污水处理收费政策，尽快将标准调整至不低于0.8元/吨。坚持污水处理设施建设和运营的市场化方向，鼓励采用多种投融资形式。
五，加强饮用水源地保护。2007年底前，完成饮用水源保护区调整和划分工作。对2000年以后在饮用水水源二级保护区内新扩建的建设项目，以及在饮用水水源保护区内装卸垃圾、油类及其他有毒有害物品的码头，限期取缔或清除。
六，统筹协调水资源开发利用与环境保护。加大对河流的生态保护和修复，在江河源头、洪水调蓄区、水土流失重点防治区优先建设生态功能保护区。实行工业、农业、生活污染全面治理，上游、中游、下游协调发展，生产、生活和生态用水合理分配，让河流休养生息，实现人水和谐。
