处境：不平等待遇
全国工商联调查显示，近年来，虽然越来越多的民营企业逐步树立起了自主创新的意识与自觉，但大都苦于人才、技术、资金等条件的严重缺乏，心有余而力不足，没有能力进行创新。
据全国经济普查数据，中国具有大专以上学历人员占从业人员的比例，私营企业约为14％，大大低于全国企业24％的平均水平，更低于国有企业46％的比例。即使在上海、江苏等民营经济较发达的省市，也有70％以上的民营企业感到缺少高技术人才。
这种现象的存在，主要是跟民营企业长期以来的边缘发展地位有很大的关系，从而失去对人才的吸引力。此外，中国的社会保障体制主要是面向政府机构和国有企事业单位，逐渐延伸到民营企业才是近几年的事情，制度还不够健全，这让高科技人才进入民营企业丧失安全感。
研发资金不足是困扰民营科技企业发展的另一大障碍。据上海工商联调查，80％的上海民营企业研发资金不足，62％的企业研发资金来源于企业自身，风险投资不到3％。
可是，在中国有限的财政科技支出中，大部分是用于大学与科研机构，只有少部分用于企业，而用于企业的科技资金又是大部分用于国有企业，只有少部分用于民营企业。据统计，发达国家财政科技支出中用于企业的比例为30％左右，中国约只有10％。
2005年，中国用于科技的财政资金总额已达1335亿元，可民营企业获得的资金不足百亿元，所占比例少于十分之一。目前，中国民营企业在自主创新上能够获得国家资金直接支持的主要是国家级的“火炬计划”项目，每年获得扶持资金总共大约10亿元，平均下来只有几万元。显然，这种资金投入纯粹是一个象征，根本无助于解决企业科技投入的瓶颈困难。
可是，在国家财政扶持资金不足的情况下，民营科技企业的另外一条出路--融资也遇到了很大的障碍。据国家统计局数据，2005年全国民营企业的短期贷款为2181亿元，只占全国金融机构短期贷款总额的2．5％。相对于民营企业在国民经济中的地位和民营企业投资与贷款需求而言，这个比例实在太小。据调查，在号称中国“硅谷”的北京中关村，企业（绝大多数是民营企业）资金缺口达400多亿元，平均每家企业资金缺口280多万元。
很多民营科技企业在创业之初，连土地、厂房都没有，仅有的一点专利成果和人才只能算是无形资产，因而，即使这些企业手中有一些市场前景十分可观的项目，可当它们急需资金支持时，却往往求贷无门，主要原因是它们手中没有用以抵押的不动产，如房产、土地等。
北京健力药业是一家由传统药业公司转型而来的高科技公司，由于具有一定的资产和社会资源的积累，在拓展融资方面相对比较顺畅。但是，韩哲还是坦言，民营科技公司在融资方面“不是很容易”，这主要是由于“大环境不好”。
另一方面，在民营企业费尽周折取得了一些成果之后，按照现行税制，民营企业在缴纳增值税、个人所得税等方面，往往高于国有和外资企业。在不能平等享受国家财政支持的情况下，民营科技企业还有多交税费，这种既不公平又不合理的状况，无疑将极大地挫伤民营企业自主创新的积极性，困住了民营企业自主创新的手脚。
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