至于经费的保障问题，华中师范大学中国农村问题研究中心常务副主任项继权教授建议，可以规定城市在土地出让金中切出一块用于进城务工农民子女的教育费用。据有关部门统计，近几年中国土地出让金收入累计超过9100多亿元人民币。“这是一笔来自农民的巨大的财富，应以适当的方式给农民以合理的补偿。”
四川省省会成都市正在探索从流动人口经商、办企业的经营管理费用和地方营业税收中划出部分资金，作为民工子女入学费用不足的补充。
一些地方政府还采取一系列措施，以提高教育拨款的公平与效率。比如，实行“教育券”的方式，将政府预算内义务教育经费直接按生活经费直接分配给学生，由学生自由选择学校，学校凭“教育券”到政府财政部门兑付现金。“这是一种义务教育投入由‘暗补’变‘明补’的方式，它可以调动公办学校的接收农民工子女的积极性，并提高财政投入的效益，同时也促进了民办学校的发展。”项继权教授评价道。
社会办学
1年前，创办3年3次因办学条件“不达标”被取缔、全校师生5次搬迁的北京行知打工子弟学校，终于摘掉了“非法办学”的帽子，得到了“中华人民共和国社会力量办学许可证”。与其同样“时来运转”的民办学校越来越多，它们从被取缔到被认可、被扶持。一些未被批准的学校也在逐步地纳入到相关管理中来。
“政府明确要批准、扶持一批民工子弟学校的文件下来后，我仿佛有了主心骨，在硬件、软件上开始严格按标准来办。”北京清莲学校校长吴清莲表示。1987年，她在朝阳区望京南湖自家院里盖了一间教室，想自己办个幼儿园，原来只计划招生40人左右，招生对象是城里的孩子，哪知报名人数大超，并且大多是周围外来农民工的孩子……如今，这所学校通过向银行贷款已经盖起了新的校舍，招收的基本上是外来打工人员子女。
国务院发展研究中心农村部研究员崔传义表示，农民工子女上学应该逐步实现由政府埋单，将他们纳入到公办学校的教育体系中来，但是这需要一个相当长的过渡时期。“在目前的过渡阶段，应该明确民办学校的合法性，允许社会力量办学，政府要做的是引导他们办好学。”
目前，不少政府部门开始对一些民办民工子弟学校给予一定的补助，将原来闲置的公办学校校舍，免费或低价出租给民办学校；并对其教师进行培训，以保证教学质量；同时派督导员和骨干教师，发动社会各界力量来协助这些民办学校的健康发展。
更多的民办民工子弟学校被扩大了“整改”的余地。比如，朝阳区教育委员会确立了区教委、房地局、卫生局协调乡政府共同把关的审批制度，严格按照北京市关于卫生、安全、师资不能放宽标准的要求，督促审批学校必须获得“食堂卫生许可证”、“房屋安全鉴定证明”和区教委教育专家委员会的评估报告，同时又酌情放宽了操场面积（包括200米跑道）等其它办学条件，将开办资金从150万元人民币降低到30万元。“对学校校舍等教育教学设施基本达标，而校长、教师资格未完全达标的，可准予其筹备办学，并规定其达标期限，对在期限内达标的予以审批，并争取到2007年9月底前，全区所有自办的专门接收农民工子女的学校基本达标。” 邱旭生介绍说。
不过，与此同时，一些人把民办学校看作是一个“临时现象”，不愿意提供一个稳定的地方。“大多数民办校的校舍是租赁的，它们可能一年搬迁好几次，可是孩子们需要一个稳定的课桌，不然教学质量也会难保证。”崔传义建议，政府在城市规划中应该将农民工子弟学校也考虑进去，给它们一个稳定的环境，“至少要达到10年的稳定标准。”
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