“任何工程必须服从于环保，这是不可动摇的原则。”张天华表示。
野生动物通道问题被认为是青藏铁路环境保护的头等生态问题。为了保障可可西里等地的藏羚羊自由迁徙，青藏铁路建设者在沿线专门设置了33处野生动物通道，并根据不同动物的迁徙习性，将通道设计为桥梁下方、隧道上方等几种形式。其中，对于藏羚羊等中小型动物通道，桥下通道部位净高要求大于3米，对于藏野驴、野牦牛等大型动物的通道，桥下通道部位净高要求大于4米。
2003年8月，为保证一个月前从可可西里南部前往北部产仔的藏羚羊顺利回迁，青藏铁路建设总指挥部要求沿线施工单位停工让路，全面清理动物通道的施工现场，对施工车辆实行管制，禁止鸣笛，引导藏羚羊通过动物通道。
在一段时间内，曾遭到人类疯狂捕杀的藏羚羊只要一听到车辆和人的声音，立即就会逃之夭夭，一般在一公里内很难接近到藏羚羊。
据了解，今年5月16日，可可西里保护区东部的首批67只怀孕藏羚羊悠然自得地通过了青藏铁路五北大桥，进入保护区腹地迁徙产仔。到目前，已有上千只临产藏羚羊借助动物通道安全顺利地穿越了青藏铁路。
“今年藏羚羊穿越青藏铁路时一改过去的犹豫徘徊，开始大大方方地结队通过动物通道。”可可西里管理局局长才嘎说。可见，人类的关爱已让藏羚羊渐渐淡忘血腥的过去，开始与人类亲密接触。
2006年 6月2日中午，记者见到可可西里保护区管理站站长文尕时，他正要出去巡查，在他管辖的范围之内，大约有1万只藏羚羊。
文尕所在的管理站只有4名工作人员，打电话要到三、四十公里以外的地方，日常生活用品也要在几十公里以外运过来。在管理站简陋的办公大楼内，有一间关于藏羚羊的展览室，走进去，一个大型横幅最为引人注目，上面写满了要求保护藏羚羊的个人签名。
“以前我们条件艰苦多了，住的是大棚，出去巡查是骑马，甚至是走路，现在我们配备了一辆吉普车，住上了楼房。”文尕手指停在身旁的吉普车，笑着对《北京周报》说。
“青藏铁路建设十分注重藏羚羊的保护，现在大规模的猎杀藏羚羊基本得到了遏止，我们保护好藏羚羊没有任何问题。”高大威猛的文尕站长信心十足地表示。
高寒草原在平均海拔4000米的青藏高原之所以能够存在，就是因为冻土起了很大的作用。这些地方降水量很少，夏天冻土融化后，就能给地表植被提供水分，冬天又能把积累的雨水冻结起来，这就等于地下有一个水库。如果冻土不断融化、水位持续下降，不仅会给青藏铁路的路基带来损害，对整修沿线的植被也会带来很大的影响。
基于这种情况，青藏铁路采用了架高路基，或者在路基上安装撒热器的方式，尽量减少热量下传到冻土层。从目前来看，这种做法取得了较好的效果。而且，在许多游客眼里，这种安装在铁路沿线、外观精美的散热器，已变成了一种风景。
“在建设过程中，有关部门对环保问题非常重视，采取了很多有效的措施，这是值得欣慰的。”青海省社会科学院青藏高原资源与环境研究所所长王恒生对《北京周报》说，“但是，通车以后，对环保提出了更大的挑战，这是一个同样不容忽视的问题。”
长期关注与思考青藏高原社会经济发展的王恒生老教授有一种担忧。他认为，青藏高原生态之所以没有遭到破坏，成为中国最后一块“净土”，很大程度上是得益于落后的交通。
“青藏高原太贫穷了，火车通了以后，肯定会伴随一场资源开发的热潮。对于脆弱的青藏高原而言，稍有不慎，将可能跌入万劫不复的深渊。说真的，我内心真有这种担忧。” 王恒生不无忧虑地表示。
实际上，王恒生主要并不是担心政府的眼光短浅或急功近利。“青藏高原地广人稀，政府管理肯定是件难事，这就给一些人掠夺式开发提供了可乘之机。” 王恒生说。
令人高兴的是，对于火车开通后的环保问题，政府部门已有所考虑。铁道部副部长孙永福在接受记者采访时曾透露，对于火车运营期间的环境保护，早已开始制订一套预防的措施，包括对旅客进行环境意识的教育和引导、对废水的处理、对固体垃圾的收集、对沿线冻土的温度、水质监测等。
“火车通了以后，环境保护最重要的工作，就是加强政府监管。”张天华副局长表示。
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