作为国务院直属机构的国家预防腐败局，它的作用主要是代表政府从事预防腐败的工作。而腐败行为和腐败犯罪在立法、司法、行政乃至党内都有不同程度的存在，预防腐败也应在所有的国家机构和国有企事业单位中同时展开。这就需要考虑，国家预防腐败局如何清除相关障碍，以便更好地组织协调、综合规划立法机关或司法机关的预防腐败工作，而且，如何使它们在预防腐败上形成合力而不至于发生冲突，还有待相应法律、法规的进一步明确和完善。