新馆现有馆藏文物3万余件，包括近250件国家一级文物和1100余件二级文物；其中，五代秘色瓷莲花碗和真珠舍利宝幢均属国宝级文物。西部主展区和东部次展区的文物展示面积共3600平方米，分布着各具特色的大小展厅32间，展出文物1160余件（组），以出土文物、明清书画、印章和古代工艺品为主。茅草屋顶的宋画斋是新馆中唯一一处以传统手法营造的展厅。宋代木结构的古建筑现已存之不多，只能从古人留下的画和资料中去找，这也是“宋画斋”名字的由来。“调素琴，阅金经”的宋代民居厅堂体现了简单、朴素、自然的设计理念，是贝老与东南大学建筑系教授朱光亚结成的共识，目的就是使这间屋子本身成为展品，展示中国传统的建筑艺术。

由于建筑面积、高度的限制和设计规划的要求，相当一部分新馆功能空间，如新石器时代和吴文化文物的展厅、藏品储藏库、影视厅、多功能厅和卫生间等，都安排在了地下室。

当年，苏博新馆的规划建筑方案曾因选址问题一度引起广泛争议，很多人担心如果工程建设不当将破坏拙政园和忠王府格局而影响申遗。但事实胜于雄辩：绝大部分参观者对贝老的“封刀之作”赞誉有加，就连建筑设计业内人士也不得不对其“中而新，苏而新”的设计理念和“不高不大不突出”的设计原则俯首称臣。如今，苏博新馆不仅成为苏州的地标之一，也成为中国建筑文化从传统走向未来的一座桥梁。