新馆采用地下一层、地面一层为主，共分为三大区域：中部为入口、前庭、中央大厅和主庭院；西部为博物馆主展区；东部为辅展区和行政办公区。

中央大厅是新馆的核心，位于入口的前庭与主庭院之间，局部为二层设计。这个拥有八个角的大厅是通过对传统的苏州建筑和中国建筑要素的几何形状转变以及重新诠释设计出来的，是馆内所有展区的主通道。进入中央大厅后，首先映入眼帘的便是位于大厅北部的主庭院。这是一座在古典园林元素上精心打造出的创意山水园：小桥、竹与树以及亭台与楼阁的倒影在波光粼粼的池塘水面上清晰可见；偶尔游过一群或红或白的观赏鱼使水面泛起阵阵涟漪。在造景设计上，贝老放弃了传统风景园林的设计思路，在北墙之下没有采用传统的太湖石，而是“以壁为纸，以石为绘”，使用高低错落的石片作假山，营造出了立体的米芾水墨山水画的意境，远远望去仿佛连绵不绝的山峦将新馆与拙政园相连。可以说是拙政园建筑风格的延伸和现代版的诠释，充分体现出通过内庭院将内外空间串连、使自然融于建筑的贝氏特色。

“让光线来做设计”是贝氏的名言。在建筑构造上，贝老借鉴了中国传统建筑中老虎天窗的做法，将天窗开在屋顶的中间部位，使自然光线透过木贴面的金属遮光条射入馆内。光线经过色调柔和的遮光条的调节和过滤而产生层次变化，使不同空间的光线产生明暗对比，仿佛能让周围的线条流动起来。玻璃屋顶和石屋顶的构造系统也源于传统的屋面系统，从石材层往下数，还有金属板、木板、保温板、钢体结构、面板和吊顶；过去的木梁和木椽构架系统已被现代的开放式钢结构、木作和涂料组成的顶棚系统所取代；屋面泄水也不再全部依靠传统的瓦楞铺流排出，而是通过屋面将雨水渗透至金属板，借助金属板的泄水系统处理滞留积水。