盘点 2006 年的中日关系，可以分为前后两个部分。在小泉纯一郎执政的前 9 个月，中日关系可以说是跌倒了中日邦交正常化以来的最低点，而随着安倍晋三上台 13 天后迅即访华，踏上“破冰之旅”开始，中日关系翻开了新的一页。总之，中日关系 2006 年呈现跌宕起伏、柳暗花明的特点。

 2006 年中日关系的基本特征

    小泉执政的前 9 个月，中日关系吹出了阵阵寒意。 政治上，高层互访中断。中日双方自 2005 年 5 月吴仪副总理访日（因日本政府对待历史问题的错误态度提前结束访日回国）之后，再无高官互访。今年，不仅这样的高级别互访中断，而且即使是在国际场合，两国首脑也没能实现会见。有的不过是两国外长 5 月在卡塔尔， 7 月在马来西亚参加国会议时的顺便会面，完全没有实质性交流。对中日这样两个有影响力的大国并且还是近邻的国家却有很长时间没有高层互访，没有深层次交流，不能不说是一种遗憾。
    安全上，对立情绪加深。日方屡屡制造耸人听闻的“中国威胁论”， 2006 年 2 月联合美军在中日又增仪的东海油气田附近进行军事演习，矛头所指当然是中国。 8 月 1 日，日本公布了 2006 年度《防卫白皮书》，渲染所谓中国军用飞机频繁进入日本周边收集情报，中国军费将在 2008 年超过日本，中国导弹足以覆盖日本国土，把中国定位于“现实威胁”。
    经济上，合作热度放缓。 2006 年 1---9 月，日本对中的直接投资为 32.7 亿美元，和去年同期相比减少 30% ，预计全年为负数。 2006 年 1---10 月，中日贸易额为 1685 亿美元，远远低于中美之间的 2145 亿美元和中欧之间的 2189 亿美元。从以上数字可以看出，中日由于受政治冷的影响，缺少政府推动，缺少大型合作项目，缺少经贸合作热情，致使原本最紧密的经济贸易合作伙伴相互所占地位大幅下降。
    中日国民感情进一步淡漠。 2006 年 8 月，由日本“言论 NPO ”与中国日报社、北京大学共同公布了一份从今年 6 月起在中日两国同步实施的联合舆论调查结果。结果显示有 36.4% 的日本人对中国的印象基本不好或非常不好 , 有 51.5% 的日本人认为不好说；有 56.9% 的中国人对日本的印象不好。有 43.5% 的日本人表示不想去中国 , 有 60.2% 的中国人表示不想去日本。两国国民互不喜欢程度进一步增强，相互了解还远远不够 , 隔阂加大。
    东海争端屡生变故。中日围绕东海划界问题有原则分歧，中方主张按国际法通用的“大陆架原则”，中方专属经济区自然延伸到冲绳海沟，而日方却主张所谓的“中间线原则”。 2006 年上半年，日方对中方在东海开采油气田，屡屡滋事，进行所谓的“抗议”。中方油气田的位置，即使按日方所谓的“中间线原则”，也仍然在中方范围内。