如果用一句话来概括2006年中欧关系的走向和特点，那就是中国和欧盟在保持良性互动关系的同时，开始显现冲突和复杂的因素，双方试图在机遇与挑战之间寻求利益的平衡。

2006年中欧关系的良性互动主要体现为:在政治领域，中欧高层互访继续保持一个良好态势。5月至12月，德国总理默克尔、欧洲议会议长博雷利、意大利总理普罗迪、法国总统希拉克、欧盟委员会贸易委员曼德尔森、塞浦路斯总统帕帕佐普洛斯等多位欧洲政要相继访华。9月，中国政府总理温家宝出访了芬兰、英国和德国，出席了在赫尔辛基举行的中欧第九次首脑会晤。中欧双方还举行了一系列高层次、宽领域的战略对话，如中欧外长对话、政府采购对话以及中欧商务会议高层对话等。通过出访、磋商与对话，进一步充实了双边关系的政治内涵。

在经贸领域，中欧经贸合作势头不减。据中国商务部统计，2005年中欧双边贸易总额为2173亿美元，2006年前11个月中欧双边贸易额达2461.4亿美元，同比增长25.1%。截止到2006年6月底，中国从欧盟共引进技术22855项，合同金额956.2亿美元，欧盟累计对华直接投资项目24033个，合同外资金额928亿美元，实际投资505.6亿美元。

在科技领域，中欧科技合作的力度空前加大，为深化双边经贸关系注入了活力。2月，第六届中欧能源大会在上海举行。9月，“中国-欧盟信息社会项目”年会在北京举行，来自中国和欧盟的专家就中欧信息化发展战略等话题进行了交流，该合作项目为期3年半，双方提供约2.2亿元人民币的经费。10月，中欧科技合作高层研讨会在布鲁塞尔举行，主题涉及可再生能源、环境、生物技术、农业、食品、动物健康及研究人员流动等领域，探讨了在欧盟第七个研发框架计划内进行合作的方式。10月11日，以“携手创新，互利共赢”为主题的中欧科技年活动在布鲁塞尔拉开序幕，它由中国科技部和欧盟委员会研究总司联合发起，通过举办科技展览会，组织中欧学术交流和科普活动，发展中欧重大科技合作项目，促进中欧双向技术转移等方式，将中欧科技合作不断推向高潮。

2003年中欧全面战略伙伴关系的定性，2005年中欧建交30周年的高姿态外交举措，俨然给人一种中欧关系走向成熟和深化的印象。实际上，中欧关系尚未达到成熟水平，近年来政治关系的密切往往掩盖了经济关系中的利益冲突和矛盾。时至2006年，中欧关系中的复杂性和不确定性凸显出来，主要表现为：基于中国崛起的事实，欧洲社会对华消极和忧虑的因素增多，欧洲人普遍担忧的是，中国经济实力的增强会对欧洲社会构成挑战和威胁，而中欧之间的巨额贸易逆差问题更是欧盟领导人的一大心病。于是，欧洲社会出现了“中国威胁论”、“责任观冲突论”及“对华警戒论”等调子，并对欧盟官方制定对华政策形成较大的压力。